Основными задачами Центра являются:

1) производство судебных экспертиз по заданиям органов и лиц, наделенных правом назначения судебных экспертиз, а также проведение экспертных исследований в соответствии с законодательством Российской Федерации;

2) научно-методическое обеспечение, контроль за качеством подготовки, повышения квалификации и аттестации экспертов, курируемых СЭУ по экспертным специальностям в области судебной экспертизы в соответствии с нормативными правовыми актами Минюста России.

Для каждого экспертного учреждения Министерства юстиции России установлена зона обслуживания следственных органов и судов. В основном это одна или более (до четырех) областей, краев, республик в составе Российской Федерации. В целях приближения экспертной службы к судебно-следственным органам в некоторых крупных городах образованы филиалы, отделы либо экспертные группы, которые по мере развития преобразуются в самостоятельные ЛСЭ. Каждому экспертному учреждению определен перечень родов и видов судебных экспертиз, обязательных для производства.

Важным направлением работы Центра является подготовка научных и экспертных кадров. Центр обеспечивает экспертные учреждения всех ведомств, а также правоохранительные органы, суды и юридические вузы методическими и информационными изданиями, а так же литературой по вопросам судебной экспертизы.

ФБУ Уральский РЦСЭ Минюста России курирует лаборатории судебной экспертизы Минюста России Уральской зоны (Челябинскую и Тюменскую). Такой научно-методический контроль устанавливается Минюстом России.

ФБУ Уральский РЦСЭ Минюста России одно из ведущих экспертных учреждений Министерства юстиции России, база для подготовки экспертов различного профиля для других экспертных учреждений, место постоянного проведения конференций и школ, зональных научно-практических семинаров по всем видам экспертного производства.

Коллектив Центра всегда работал в тесном взаимодействии с криминалистическими структурами Генеральной прокуратуры, экспертными подразделениями МВД, ФСБ, ГТК, судебно-медицинской службой, кафедрой криминалистики Уральской государственной юридической академии.